Anteriormente a los protistas se les dividía en tres grupos por tener parecida a los animales (protozoos), plantas (algas) y hongos (fungoides). Por sus especializaciones los grupos se han extendido:
Diplomonadas y parabasálidos: los diplomonadas poseen dos núcleos y se desplazan por medio de varios flagelos, al igual que los parabasálidos. Se caracterizan por tener una ranura de alimentación en la superficie celular y carecen de mitocondrias.
Euglenozoos: son protistas unicelulares, viven en agua dulce y se desplazan por medio de flagelos. Algunos son fotosintéticos y otros absorben el alimento. También poseen organelos sensibles a la luz, constituyen un fotorreceptor. Los mayores representantes de este grupo son las euglenas.
Cromistas: en este grupo se encuentran organismos fotosintéticos unicelulares y multicelulares. Entre los mayores representantes de este grupo se encuentran:
- Mohos acuáticos.
- Diatomeas.
- Algas pardas o feófitas.
Alveolados: son organismos unicelulares que poseen pequeñas cavidades debajo de la superficie de sus células. Hay alveolados fotosintéticos, parásitos y otros depredadores. Los grupos representantes son los dinoflagelados, aplicomplexa y ciliados. 
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