Las bacterias desempeñan un papel importante en la nutrición animal. Los animales herbívoros degradan las celulosa de los vegetales para su digestión en sus tractos digestivos. Los seres humanos poseen bacterias en el estómago que se alimentan de comida sin digerir y sintetizan algunas vitaminas. Otras especies son de importante Industrial para la elaboración del yogurt, queso y leches.
Las bacterias que se encuentran en el suelo o en raíces son fijadoras de nitrógeno gaseoso o nitrificantes, provenientes de la atmósfera para combinarlo con hidrógeno y convertirlo en ion amonio, importante en la fotosíntesis de las plantas.
Algunas bacterias descomponen complejas moléculas orgánicas, provenientes de materia muerta y productos de desecho, liberando nutrimentos, energía y carbono al medio externo, que pueden ser reutilizados por los seres vivos.
A pesar de los múltiples beneficios las bacterias también son causantes de enfermedades para el ser humano.
Ejemplo: Clostriduim tetani, causante del tétano, Estreptococus pneumoniae, causante de neumonía y Escherichia coli, causante de la enfermedad del cólera.
