Los hongos pueden clasificarse en cinco filas diferentes:
Zigomiceto: pueden presentarse en forma de mohos que descomponen materia orgánica parásitos, o simbiontes son causantes de una película negra en el pan, y son resistentes a condiciones extremas, tal como el congelamiento o desecación.
Quitiridios: son hongos saprobios y parásitos que viven en lagos y suelos. Son los únicos hongos que tienen esporas flageladas llamadas zoozporas.
Ascomicetos: habitan en ecosistemas marinos agua dulce y terrestre, las esporas sexuales se encuentran en unos sacos o ascas llamadas ascosporas, tienen tamaños unicelulares como las levaduras y multicelulares.
Basidiomicetos: son hongos que forman varios cuerpos fructíferos, desde mohos, parásitos, simbiontes con micorrizas y cuerpos más grandes, en su ciclo de vida tienen una célula llamadas basidium, que les permiten formar sus esporas.
Deuteromicetos: conocidos Como hongos imperfectos y son reconocidos por carácter de fase sexual o formación de cuerpo fructífero, sólo presentan fase sexual, como el caso de Penicullium, que tiene un uso farmacéutico para la elaboración de antibióticos.
Glomeromicetos: que son de importancia ecológica, ya que forman micorrizas arbusculares, asociadas a raíces para absorber nutrientes.
