Las bacterias se pueden dividir en diferentes grupos:
Proteobacterias: son bacterias gram negativas. Estas a su vez se dividen en proteobacterias alfa gamma, beta y delta.
Clamidas: son células patógenas que habitan en células animales y necesitan de un huésped para adquirir energía. Por ejemplo la especie Chlamidya trachomatis es la causante de ceguera alrededor del mundo.
Espiroquetas: tienen forma de hélice, son organismos heterótrofos y se desplazan por el medio a través de flagelos.
Bacterias gram positivas: son de vida libre que pueden formar grandes cadenas de células y descomponen materia orgánica del suelo. Algunas de estas son cultivadas por farmacéuticos para producir antibióticos, como el caso del género Estreptomycetes.
Cianobacterias: son los únicos procariontes capaces de producir oxígeno (fotoautótrofos), constituyen alimentos importantes en ecosistemas acuáticos, y otras pueden fijar nitrógeno de la atmósfera.
