Aunque existen hongos unicelulares, cómo las levaduras, la forma estructural de los hongos multicelulares se componen de un cuerpo fructífero, o fase reproductora, y micelio, o fase vegetativa.
El cuerpo se compone las siguientes estructuras.
Hifas: red de filamentos que contienen quitina en sus paredes celulares, algunas tienen paredes transversales llamadas septos, que se conoce como hifas septadas, y otras paredes lisas con núcleo, llamadas cenocíticas. Estás hifas puede ser especializadas para alimentarse de otros seres vivos. Otras especies tienen hifas llamadas haustorios, que les permite penetrar en los tejidos de los huéspedes. Existen otras que crean relaciones beneficiosas mutuas con plantas y animales.
Micelio: masa de hifas entrelazadas que filtra las sustancias del sustrato para que el hongo se alimentan y crecen rápidamente por efecto del transporte de proteínas, que les permite captar más superficie de absorción. Está masa de hifas puede en ocasiones alcanzar grandes longitudes.
Estípite: es la estructura que sostiene horizontalmente al hongo. A lo largo del cuerpo fructífero de este, el estípite puede poseer o no una volva como recubrimiento de cápsulas y tejido externo en forma de anillo en la parte media del cuerpo, que se da más en los grupos multicelulares que microscópicos.
Píleo: parte superior del hongo. Puede contener láminas o poros, que preservan al hongo de aspecto secos a húmedos. Se le conoce también como sombrero es fácil observarlo en los hongos comestibles.
Espora: células reproductivas del hongo en la etapa sexual. En la etapa asexuada puede presentar esporas externas ubicadas en estructura llamada conidiosporas. Las esporas son trasladadas por el viento, por lo que pueden germinar a grandes distancias.
